Muzeja kompleksā ietilpts galvenā ekspozīciju ēka, Laivu māja un Tīklu māja.
Krājumā vairāk nekā 10 000 priekšmetu. Patstāvīgā ekspozīcija stāsta par Pāvilostas pilsētas un Sakas pagasta vēsturi, atsevišķa ekspozīcija iekārtota pāvilostnieku atrastajiem dzintariem un fosilijām. Muzejs lepojas ar unikālām, Sakas pagastā atrastām kaltām bronzas saktām un jostām. Laivu mājā apskatāmi lielgabarīta muzeja eksponāti, bet Tīklu mājā iekārtota zvejniecības tēmai veltīta ekspozīcija “Jūriņ’ prasa smalku tīklu”. Mansarda stāvā visa gada garumā apskatāmas dažādas mainīgās izstādes.
Muzejā iekārtota arī ekspozīcija “Padomju laiki Pāvilostā. 50-80 gadi”.
Apskatāms arī kāds īpašs eksponāts – kājceliņš “Ceļš kāpās”. Audēju pulciņš “Lumstiņš”, kurā darbojas 7 audējas, realizējot projektu “Ceļš kāpās” 2015. gada vasarā aicināja ikvienu noaust garāko kājceliņu novadā. To pa gabaliņam visas vasaras garumā noauda vietējie iedzīvotāji un pilsētas viesi. Kopā piedalījās 190 cilvēki – no Vācijas, Dānijas, Zviedrijas, Anglijas, Ukrainas, Francijas, Lietuvas, ASV un no 32 dažādām Latvijas pilsētām. Kājceliņa aušanā piedalījās 5 laimīgie jaunlaulātie, kuri iemūžināja savu pirmo darbu. Kājceliņa garums 21,6 m un platums 68 cm.
2018. gadā Pāvilostas novadpētniecības muzejā atklātas divas jaunas ekspozīcijas – interaktīva ekspozīcija “Pāvilostas zelta smilšu graudi”, kas ar kultūrvēsturiskām liecībām ataino pilsētas attīstību simt gadu periodā, no 1918.-2018. gadam un ekspozīcija “Jūriņ prasa smalku tīklu”, kurā ar mūsdienīgu māksliniecisko risinājumu un moderno tehnoloģiju izmantošanu saglabātas zvejniecības vērtības un tradīcijas.
Lielākais muzejs eksponāts – kuģis “Dole”, kas ir vienīgais saglabātais RB tipa zvejas kuģis Latvijā – apskatāms Dzintaru ielā pie tilta pār Sakas upi.